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      人(rén)工(gōng)智能助力医疗,精准找出(chū)致病(bìng)物质(zhì)

      2020/03/24607

      人(rén)工智能助(zhù)力医疗,精(jīng)准找出治(zhì)病(bìng)物质

      在制药过程中(zhōng),药物被淘汰的原因众多,其(qí)中之一(yī)就在于其对细胞色素(sù)P450的消(xiāo)极抑制作(zuò)用。细胞色素P450是一组(zǔ)主要在(zài)肝脏中产生的酶,通(tōng)常被称为(wéi)CYP450,参与(yǔ)分解化(huà)学(xué)物质(zhì),防止它们在血液中(zhōng)积累(lèi)到危险的水平。然而,事实证明,许多实(shí)验(yàn)药物都能抑制(zhì)CYP450的产(chǎn)生,这种的副作(zuò)用会使(shǐ)药物对人(rén)体(tǐ)产(chǎn)生毒性。

      制药公司一直依赖于传统医学工具来(lái)预测药物是否会(huì)抑制患者(zhě)体内(nèi)的CYP450,比如(rú)在试管(guǎn)中进行化学分析(xī),观(guān)察CYP450与具有化学相(xiàng)似性的药物之间的相互作用(yòng),以及在小白鼠身上(shàng)进(jìn)行(háng)实验。但是这(zhè)样的预测可能并不准确。在某些情(qíng)况下,CYP450相关毒性(xìng)只有在(zài)人体试验中才会被发现,导(dǎo)致(zhì)付诸的金钱多(duō)年的(de)努(nǔ)力白费。就(jiù)在这个关键时刻,AI制药重新进入了大众视野。

      弥补传统制药弊端,AI制药效率(lǜ)大幅(fú)提高

      制药的(de)低效率(lǜ)引出(chū)了一个更严肃的问题:至(zhì)少20年来,价值1万亿美元的全球制药行业一直处于药(yào)物开发低(dī)迷、生产率下(xià)滑的状(zhuàng)态。制药(yào)公司(sī)的金钱投入越来越多(duō)——10家最大的制药(yào)公司(sī)现在(zài)每年花费近800亿(yì)美(měi)元——研发出的有效药物却(què)越来(lái)越少(shǎo)。十年前,若(ruò)投入一美元(yuán)来研发(fā)药物,就能收到(dào)10美分的(de)回报;如今(jīn),收益率却不足2美分。某种(zhǒng)程度上,这是(shì)因为用于治疗常(cháng)见疾病(bìng)的药物都已(yǐ)经找到了,只剩(shèng)下开(kāi)发用于解决(jué)复杂疾病的药(yào)物,这些(xiē)药物只能治(zhì)疗(liáo)一小部分人(rén)的疾病(bìng),因此能够获得的收益也(yě)要少得多。

      根据塔夫茨药物开发(fā)研究中心的数据,近年来,药物上市的平均成本几乎翻了一番,达到26亿美元之多。药(yào)物从在实验室中诞生到流入市场的时(shí)间(jiān)线被延长到(dào)了(le)12年,而有90%的药物在人体(tǐ)试(shì)验的(de)阶段就被淘(táo)汰。

      因(yīn)此,研(yán)究(jiū)人员对AI在药(yào)物研发方面的高涨(zhǎng)热情也就(jiù)不足为奇了。用户只需要给AI工(gōng)具提供(gòng)样(yàng)本(某种分子结构)和相应(yīng)的(de)解(jiě)决方案(分(fèn)子最(zuì)终如何被(bèi)制成药物),它(tā)们就可以开(kāi)发(fā)自己的计算方法来(lái)快速产(chǎn)生相似的制药方案。

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      AI(右)能更准确(què)地找到致(zhì)病肿瘤

      大(dà)多数机器学习程序可以处理小数据集(jí),而深度学习程序可以处理大量(liàng)原始的、非结构化的数(shù)据。一个深度学习的版本可以从未标记的细胞图像中进行分子(zǐ)结构辨识(shí),不过(guò),它可能(néng)需要(yào)查看上百万个细(xì)胞样(yàng)本(běn)才能做到这一点。

      最终,AI将(jiāng)在(zài)以下几个方面改善药物开发:1.识别(bié)更有(yǒu)效的候选药物;2.提高药物测试(shì)的(de)“命中率”,即通过临床试验并获得监管(guǎn)批准的候(hòu)选人的百(bǎi)分(fèn)比;3.加速整个(gè)制药过程。

      百时(shí)美施贵宝(Bristol-Myers Squibb)最(zuì)近部署了一个机器学习程序,该程序经过训练,已能够(gòu)在(zài)大量细胞样(yàng)本中(zhōng)发现与CYP450抑(yì)制(zhì)效用相关(guān)的分子结构。Saha说,该程序将测试准确率(lǜ)提高(gāo)到95%,与传统方法相比,失(shī)败(bài)率降(jiàng)低近6倍。这些结果帮助研究(jiū)人员(yuán)迅速筛(shāi)选(xuǎn)出(chū)可能有毒的(de)药物(wù),转而(ér)关注(zhù)那些有更大希望通过多项人体(tǐ)试验(yàn)、获(huò)得美国食品和药物管理局批(pī)准的候选药物。礼来(Eli Lilly)首席数据和分(fèn)析官维平•戈帕尔(ěr)(Vipin Gopal)表示:“在我们(men)进行(háng)投资之前,AI就能帮助(zhù)我们在早期排除(chú)掉那些潜在的(de)无效用药物。”

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      人工智能软件(jiàn)可以预测哪些化合物(wù)可能(néng)与目标蛋白结合,以帮助缩小候选药物的(de)范围

      生(shēng)物医学研(yán)究人员认(rèn)识到,像癌(ái)症和阿尔茨(cí)海默病等这般复杂的疾病所涉及的涉及蛋白质(zhì)达数百种,如果研发(fā)的药物只攻击其中一(yī)种蛋白质,则(zé)不太可能对(duì)整个病(bìng)毒本身(shēn)造成破坏。Kurji解释说,Cyclica正试图寻找能与(yǔ)几十种目标蛋(dàn)白相(xiàng)互作用(yòng)的单个化合物,同(tóng)时避免与其他蛋白相互作用(yòng)。他补充说,目前正在开发的AI 程序旨在将(jiāng)大量关于蛋(dàn)白质变(biàn)异的遗(yí)传数据(jù)整合在一(yī)起,这样AI助手就可以检测出哪些候选药物(wù)最有效。

      苏格兰邓迪(dí)大学医学信息学教授(shòu)安德鲁•霍普金斯(Andrew Hopkins)提出(chū)了ex唯科(kē)学算法,这个算法只(zhī)需分析10个蛋白质(zhì)数(shù)据(jù)就能得到有效(xiào)信息。它(tā)将(jiāng)目标蛋白的(de)生物数据与(yǔ)大约10亿个(gè)蛋白质相互作(zuò)用的(de)数据库进行(háng)比较。生成的新数据被输入到程序中,程(chéng)序再次对列表进行精简,并(bìng)分析另一轮所需的数据(jù)。这个过程重复进行,直(zhí)到程(chéng)序准(zhǔn)备好生成一个易于管(guǎn)理的化合(hé)物列表,而这些化合物正是目标药物的(de)良好候选(xuǎn)。

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      霍普金斯声称,ex唯科学的算(suàn)法可以将(jiāng)药(yào)物(wù)的(de)发现时间(jiān)从4.5年(nián)缩短到1年,将发现成本降(jiàng)低(dī)80%,合成化(huà)合物的数(shù)量也会减少到通常生(shēng)产一(yī)种成功药物(wù)所需的五(wǔ)分之一(yī)。目前,他正与生物(wù)科技巨头Celgene合作,努力为三个(gè)目标寻找新的潜在药物(wù)。

      精(jīng)确定位目标(biāo)蛋白!

      为(wéi)了(le)发现可能致病的蛋白质,生(shēng)物制(zhì)药公(gōng)司Berg也利(lì)用AI助手来筛选(xuǎn)人体组织(zhī)样本的生物信(xìn)息。Berg软(ruǎn)件(jiàn)的(de)方法是把(bǎ)从(cóng)病人的组织样本(běn)、器官液体和血样中提取的(de)每(měi)一份(fèn)数据都输(shū)入(rù)程序。样品中的活细(xì)胞被用于各种(zhǒng)实(shí)验,如测试(shì)其(qí)高葡(pú)萄糖水平(píng)。这种方(fāng)法生成多种数据,涵盖细胞产生能量的(de)能力和(hé)细胞膜的硬度。

      然后(hòu),所有的(de)数据(jù)都通过一系列深度学习程序运行(háng),这些(xiē)程(chéng)序寻(xún)找非疾病状态(tài)和疾病状态之间的特(tè)征差异,最终着眼于那些含毒性的蛋白质。在某(mǒu)些情(qíng)况下,这些蛋(dàn)白质可能成为靶标,这(zhè)时Berg的AI软件(jiàn)就(jiù)可以寻找(zhǎo)药(yào)物(wù)来攻击这些靶(bǎ)标。更重要的(de)是,因(yīn)为该(gāi)软件可以识别目标似乎只(zhī)在一小部分患者(zhě)身(shēn)上(shàng)引起疾病,所以它可以识别这些(xiē)患(huàn)者的区别性特征。这意味着患者可以在服用药物(wù)之前进行测试(shì),以确定药物是否(fǒu)可能(néng)对他们(men)有效。

      目(mù)前(qián),Berg正(zhèng)在与制药巨头阿斯利康(AstraZeneca)合作,寻找治疗帕金森氏症和其他神经系统疾病的目标(biāo),并与赛诺菲巴斯德(Sanofi Pasteur)合作,以(yǐ)改良流感疫苗。Berg软件已经确定了诊断测试的机制,可以区分前列(liè)腺癌和(hé)良性(xìng)前列腺(xiàn)肥(féi)大症,而这些病(bìng)症如果不做手术则很(hěn)难区分。

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